Dra. Lillian Acuña Profesional de Investigación

Profesional de Investigación
Profesionales de Investigación: Equipo RP2

Biografía

La Dra. Lillian Acuña es Bioquímica, titulada en la Universidad de Santiago de Chile en el año 2008. En el 2013 obtuvo el grado de Doctor en Biociencias Moleculares en la Universidad Andrés Bello. Su carrera como investigadora, se ha centrado en el estudio de la fisiología bacteriana en diversas especies, algunas asociadas a la biominería, como también en patógenos de importancia para la salud humana y especialmente en la salmonicultura.
Como investigadora principal se adjudicó un proyecto postdoctoral FONDECYT, titulado "Iron responsive non-coding RNAs in Yersinia ruckeri: shedding lights about their regulatory roles in bacterial physiology". Este proyecto representó una línea de investigación pionera en esta especie bacteriana, un patógeno de salmónidos responsable de brotes de la enfermedad de la boca roja en la salmonicultura. En octubre 2020 se adjudicó un proyecto FONDECYT de Iniciación, titulado “The RNA chaperone Hfq and envelope stress responses in the fish pathogen Yersinia ruckeri: unveiling its regulatory role in the maintenance of envelope homeostasis under antibiotic and osmotic stress”. En base a los conocimientos moleculares recopilados en sus estudios, la Dra. Acuña espera poder idear y diseñar nuevas estrategias antimicrobianas contra éste y otros patógenos de salmónidos que generan pérdidas económicas para la salmonicultura en Chile y el mundo. Adicionalmente, la Dra. Acuña y el grupo de investigación en el cual trabaja están actualmente trabajando en el desarrollo de un sistema detección molecular para bacterias patógenas como las de la salmonicultura (ej. Y. ruckeri), basado en el sistema CRISPR-Cas13.

Títulos Profesionales

  • 2008. Bioquímico, Universidad de Santiago de Chile, Chile,

  • Títulos y Grados Académicos

  • 2007. Licenciatura en Bioquímica, Universidad de Santiago de Chile, Chile.

  • 2013. Doctorado en Biociencias Moleculares, Universidad Andrés Bello, Chile.

  • Experiencia

  • 2021- A la fecha: Profesional de Investigación, Línea de Investigación RP2, Salud Animal en estadios de vida de agua dulce de salmónidos Proyecto FONDAP #15110027. Interdisciplinary Center for Aquaculture Research (INCAR), Universidad Andrés Bello, Viña del Mar, Chile

  • 2020- A la fecha: Investigador Responsable de Proyecto Fondecyt Iniciación #11201070. "The RNA chaperone Hfq and envelope stress responses in the fish pathogen Yersinia ruckeri: unveiling its regulatory role in the maintenance of envelope homeostasis under antibiotic and osmotic stress", Facultad Ciencias de la Vida, Laboratorio de Genética y
  • Patogénesis Bacteriana, Universidad Andrés Bello.
  • 2018-2020. Investigador Responsable de Proyecto Fondecyt Post Doctoral #3180633, “Iron responsive non-coding RNAs in Yersinia ruckeri: shedding lights about their regulatory roles of bacterial physiology”, Facultad Ciencias de la Vida, Laboratorio de Genética y Patogénesis Bacteriana, Universidad Andrés Bello.
  • 2016-2018. Investigador Post Doctoral Proyecto Basal PFB, Laboratorio de Ecofisiología Microbiana, Fundación Ciencia y Vida.
  • 2014-2016. Investigador Post Doctoral Proyecto Fondef Idea CA13I10162, Laboratorio de Ecofisiología Microbiana, Fundación Ciencia y Vida.
  • 2013-2014. Ayudante Investigación Proyecto Fondecyt regular # 1100887, Laboratorio de Ecofisiología Microbiana, Fundación Ciencia y Vida.
  • 2010-2013. Realización Tesis Doctoral. “Caracterización del Sistema CRISPR/Cas de Acidithiobacillus caldus”, proyecto Fondecyt regular #1100887, Laboratorio de Ecofisiología Microbiana, Fundación Ciencia y Vida.
  • 2008-2009. Ayudante de Investigación, proyecto Fondeyt regular # 1150063, Laboratorio de Genética Molecular Microbiana, Universidad de Chile.
  • 2007-2008. Realización Tesis pregrado, “Participación de yggE de Escherichia coli en la resistencia a telurito de potasio” proyecto Fondecyt regular #1060022, Laboratorio de Microbiología Molecular, Facultad de Química y
  • Biología, Universidad de Santiago de Chile.

  • Intereses de Investigación

  • Bioquímica, microbiología, regulación de la expresión en procariontes mediante sRNA, respuesta a estrés por envoltura en Yersinia ruckeri, caracterización de los Sistemas CRISPR-Cas en microorganismos acidófilos, uso del sistema CRISPR-Cas 13 en la detección de ácidos nucleicos y fisiología y diversidad de microorganismos acidófilos biolixiviantes.

  • Congresos

  • 2019. Lillian G. Acuña, María José Barros, Paula Nuñez, Fernanda Montt, Juan Fuentes, Iván L. Calderón. The small non-coding RNA RyhB homolog participates in the physiology and virulence of Yersinia ruckeri. 8th Congress of European Microbiologists, 7-11 julio, 2019, Glasgow, Escocia.

  • 2019. María José Barros, Lillian G. Acuña, Paula Nuñez, Fernanda Montt, Diego Martínez, Iván L. Calderón. The small non-coding RNA IsrG modulates bacterial proliferation of Salmonella Typhimurium. 8th Congress of European Microbiologists, 7-11 julio, 2019, Glasgow, Escocia.
  • 2018. Lillian G. Acuña, María J. Barros, Juan Fuentes, Iván L. Calderón. Small noncoding RNAs induced under iron starvation in Yersinia ruckeri. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología. XL Congreso Chileno de Microbiología, 13-16 noviembre, 2018, Santiago, Chile
  • 2018. María José Barros, Lillian G. Acuña, Mauricio Galaz, Diego Peñaloza, Fernando Gil, Juan A Fuentes, Iván L. Calderón. La proteína chaperona Hfq de Yersinia ruckeri participa en la modulación de la fisiología y virulencia bacteriana. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología. XL Congreso Chileno de Microbiología, 13-16 noviembre, 2018, Santiago, Chile
  • 2018. Diego Peñaloza, Lillian G Acuña, Mauricio Galaz, María José Barros, Fernando Gil, Juan A Fuentes, Iván L Calderón. El sRNA RyhB-2 de Salmonella Typhimurium regula negativamente la expresión de factores de virulencia de invasión en células eucariontes. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología. XL Congreso Chileno de Microbiología, 13-16 noviembre, 2018, Santiago, Chile
  • 2018. Mauricio Galaz, Lillian G. Acuña, María José Barros, Diego Peñaloza, Fernando Gil, Juan Fuentes, Iván L. Calderón. El sRNA IsrG de Salmonella Typhimurium modula la proliferación bacteriana regulando negativamente la expresión del gen fic. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología. XL Congreso Chileno de Microbiología, 13-16 noviembre, 2018, Santiago, Chile
  • 2017. Lillian G Acuña, Paulo C. Covarrubias, Ana Moya-Beltrán, Oscar Salgado, Harold Nuñez, Raquel Quatrini. Emerging insights into the type iv CRISPR/Cas systems from genomic analyses the Acidithiobacillus species complex. 7th FEMS Congress of European Microbiologists, in Valencia, Spain. july 9-13, 2017
  • 2017. Ana Moya-Beltrán, Harold Nuñez, Paulo C. Covarrubias, Francisco Issotta, Juan Pablo Cardenas, Mónica González, Joaquín Atavales, Lillian G. Acuña, D. Barrie Johnson, Raquel Quatrini. Molecular systematics of the genus Acidithiobacillus: insights into the phylogenetic structure and diversification of the taxon. 7th FEMS Congress of European Microbiologists, in Valencia, Spain. july 9-13, 2017
  • 2016. Ana Moya-Beltrán, Harold Nuñez, Paulo C. Covarrubias, Francisco Issotta, Lillian G. Acuña, Mónica Gonzalez, D. Barrie Johnson, Raquel Quatrini. A pan-chromosome view of iron-oxidizing Acidithiobacillus species. 16th International Symposium on Microbial Ecology, Montreal, 21-26 august 2016.
  • 2015. Matías Castro, Acuña LG, María Ignacia von Unger, Nicolás Guiliani, Raquel Quatrini. C-di-GMP control modules confined within mobile elements: the case of ICEACATY.2. The 6th Congress of European Microbiologists, Maastricht, the Netherlands, june 7-11, 2015
  • 2015. von Unger MI, Acuña LG, Moya A, Covarrubias P, Guiliani P, Quatrini R, Castro M. The integrative and conjugative element ICEACAty2 and its contribution to adhesion and biofilm development. XXXVII Congreso Sociedad de Microbiología de Chile. La Serena, Chile. diciembre 2015.
  • 2015. Fuentes D, Acuña LG, Calderón P, Gil F, Calderón IL. Rol del RNA no codificante SroC en la motilidad de Salmonella Typhimurium. XXXVII Congreso Sociedad de Microbiología de Chile. La Serena, Chile. diciembre 2015
  • 2015. Castro M, Acuña LG, von Unger MI, Guiliani N, Quatrini R. C-DI-GMP control modules confined within mobile elements: the case of ICEACATY.2. 6th Congress of European Microbiologist. Maastricht, The Netherlans. 7-11 june 2015
  • 2015. Fuentes D, Acuña LG, Calderón PF, Gil F, Calderón IL. Rol del RNA no codificante SroC en la motilidad de Salmonella Typhimurium. XXXII Congreso Nacional de Estudiantes de Bioquímica. 2015.
  • 2014. Acuña LG, Covarrubias PC, Moya-Beltrán A, Issotta F, Osandon FJ, González M, Quatrini R. Análisis comparativo de los Sistemas CRISPR/Cas presentes en elementos conjugativos integrativos tipo 2 en bacterias del género Acidithiobacillus. Congreso ALAM 2014 (Sociedad latinoamericana de microbiología), Cartagena de Indias del 5 al 8 de noviembre de 2014.
  • 2014. Fuentes D, Calderón PF, Acuña LG, Sebastían Jeréz, Carolina Cabezas, Alan Briones, Claudia Saavedra, Fernando Gil, Iván L. Calderón El sRNA SroC de Salmonella Typhimurium modula negativamente la expresión de KatE. XXII Congreso Latinoamericano de Microbiología ALAM 2014. Cartagena, C, 2014.
  • 2013. Acuña LG., Quatrini R. Variantes atípicas del sistema de interferencia génica CRISPR-Cas en la bacteria acidófila de biominería Acidithiobacillus caldus. XXXV Congreso Sociedad de Microbiología de Chile. Presentación oral para incorporación a la Sociedad. Maitencillo, Chile. 26 al 30 de noviembre 2013.
  • 2013. Calderón, P. F., Morales, E. H., Acuña, L.G., Collao, B., Salinas-Grenet, H., Gil, F., Saavedra,C. P., Calderón, I. L. Identificación de blancos para los sRNAs RyhB1 y RyhB2 de Salmonella Typhimurium bajo condiciones de estrés nitrosativo y carencia de hierro. XXXV Congreso Chileno de Microbiología. , 2013.
  • 2013. Calderón P., Morales E.H., Acuña LG., Collao B., Gil F., Saavedra C.P., Calderón I.L. Role of Salmonella Typhimurium small RNAs IsrE and RyhB in the nitrosative stress response. V International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology. Madrid, España. octubre 2013.
  • 2013. Covarrubias P, Moya F, Acuña LG, Spinelli S, Quatrini R. Functional and structural studies of Myoviridae-temperate bacteriophages infecting the extreme acidophile Acidithiobacillus caldus ATCC51756. 20th Biennial Evergreen International Phage Meeting, Olympia-USA, August 2013.
  • 2012. Moya F., Acuña LG., Quatrini R. Characterization and antimicrobial activity of the recombinant bacteriophage AcaML1 endolysin from Acidithiobacillus caldus ATCC51756. XXXIV Congreso Sociedad de Microbiología de Chile, Centro de Convenciones, Hotel Villa del Río, Valdivia, Chile. 23 al 26 de noviembre de 2012.
  • 2012. Covarrubias P., Acuña LG., Cárdenas JP, Quatrini R. Comparación genómica de cepas de Acidithiobacillus caldus: composición genética del genoma variable. XXXIV Congreso Sociedad de Microbiología de Chile, Centro de Convenciones, Hotel Villa del Río, Valdivia, Chile. 23 al 26 de noviembre de 2012.
  • 2012. Lefimil C., Leiva M., Acuña LG., Holmes DS., Jedlicki E. Regulando a un regulador transcripcional: el caso de Fur en Acidithiobacillus ferrooxidans. XXXIV Congreso Sociedad de Microbiología de Chile, Centro de Convenciones, Hotel Villa del Río, Valdivia, Chile. 23 al 26 de noviembre de 2012.
  • 2012. Acuña LG., González, M., Quatrini, R. Variación de la expresión del sistema CRISPR/Cas y de genes de colonización de sustratos sólidos codificados en un ICE de Acidithiobacillus caldus. XXI Congreso Latinoamericano de Microbiología (XXI ALAM), Santos- Brasil, 28 oct - 1 noviembre 2012.
  • 2012. Moya F, Covarrubias P, Tapia P, González M, Acuña LG, Johnson DB, Quatrini R. Novel lysogenic Myoviridae bacteriophage infecting Acidithiobacillus caldus: Sequence and Functional Characterization. 2nd Virus of Microbes Conference, Brussels, Belgium. 16-20 july, 2012.
  • 2012. Acuña LG., Covarrubias P, González M, Quatrini R. Defense Islands of Acidithiobacillus caldus: Prevalence and Diversification of CRIPSR/Cas Cassettes. 2nd Virus of Microbes Conference, Brussels, Belgium. 16-20 july, 2012
  • 2012. Nuñez H, Cárdenas JP, Shmaryahu A, Covarrubias P, Acuña LG, Quatrini R. Genetic characterization of industrial isolates of Acidithiobacillus caldus by Multi Locus Sequence Typing analysis. 14th International Symposiumon Microbial Ecology, Copenhagen, Denmark. 19-24 august.2012.
  • 2011. Acuña LG, González M, Covarrubias P, Quatrini R. What is the relation between the CRISPR/Cas system and biofilm formation in Acidithiobacillus caldus? XXXIII Congreso Sociedad de Microbiología de Chile, Hostería El Copihue, Olmué, Chile, 29 de Noviembre - 2 de Diciembre de 2011.
  • 2011. Acuña LG, Covarrubias P, Tapia P, Quatrini R. Characterization of a novel CRISPR/Cas system from Acidithiobacillus caldus encoded in a biofilm promoting ICE. 19th Biennial Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, Washington, Estados Unidos, 7-12 Agosto de 2011.
  • 2011. Tapia P, Covarrubias P, Acuña LG, Quatrini R. Bioinformatic and experimental characterization of prophage AcaML1 identified in the genomic sequence of Acidithiobacillus caldus ATCC 51756. 19th Biennial Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, Washington, Estados Unidos, 7-12 agosto de 2011.
  • 2010. Acuña LG, Silva C, Covarrubias P, Shmaryahu A, Holmes DS, Young M, Quatrini R. Expression and prevalence analyses of the CRISPR/Cas system in Acidithiobacillus ferrooxidansTY and Acidithiobacillus caldusTY. CRISPR Meeting, Wageningen, TheNetherlands, 21-22 octubre, 2010.
  • 2010. Silva C, Acuña LG, Covarrubias P, Shmaryahu A, Holmes DS, Young M, Quatrini R. What do heterogeneous and/or degenerate CRISPR loci tell us about function and mechanism. CRISPR Meeting, Wageningen, The Netherlands, 21-22 octubre, 2010. Acuña LG, Silva C, Haristoy J, Tapia P, Covarrubias P, Shmaryahu A, Quatrini R. Prevalence analyses of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats in Acidithiobacillus caldus. International Plasmid Biology Conference, Bariloche, Argentina, 6-12 November, 2010.
  • 2010. Haristoy J, Acuña LG, Covarrubias P, Holmes DS, Quatrini R. Novel accessory genes in Acidithiobacillus caldus ATCC 51756 plasmids. International Plasmid Biology Conference, Bariloche, Argentina, 6-12 November, 2010.
  • 2010. Quatrini R., Covarrubias P., Silva C., Shmaryahu A., Acuña LG., Holmes D. “CRISPRs on ICE: hints on the mobilization of these loci between genomes”. Bariloche, Argentina. International Plasmid Biology Conference 2010. Noviembre de 2010.
  • 2010. Silva C, Acuña LG, Tapia P, Haristoy J, Covarrubias P, Shmaryahu A, Quatrini R. Atypical CRISPR/Cas system in Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270. International Plasmid Biology Conference, Bariloche, Argentina, 6-12 November, 2010.
  • 2010. Tapia P., Covarrubias P., Haristoy J., Cárdenas J., Acuña LG., Silva C., Shmaryahu A., Holmes DS., Demergasso C., Quatrini R. “Ocurrencia y diversidad de agentes de transferencia génica horizontal en genomas de biolixiviación”. Antofagasta, Chile. XXXII Congreso Chileno de Microbiología. Diciembre de 2010.
  • 2009. Acuña LG., Lefimil C., Álamos P., Bruno Guigliarelli, Holmes D. S. y Jedlicki E. “El regulador transcripcional Fur de Acidithiobacillus ferrooxidans une un centro [4Fe-4S]”. Hotel Santa Cruz, Santa Cruz. XXXI Congreso de la Sociedad de Microbiología de Chile. Diciembre de 2009.
  • 2008. Acuña LG., Calderón I., Elías A., Sandoval M., Castro M., Vásquez C. “El gen yggE de Escherichia coli: una defensa contra el estrés oxidativo”. Termas de Chillán XXXI. Reunión Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. septiembre 2008.
  • 2007. Sandoval J., Pradenas G., Acuña LG., Vásquez C. “Participación de Glucosa-6- fosfato deshidrogenasa (G6PDH) en respuesta al estrés oxidativo generado por K2TeO3”. Termas de Chillán XXX. Reunión Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. septiembre 2007.

  • Tesis Guiadas

  • PRE-GRADO

  • 2021- a la fecha. Diego Pedraza, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. "Vía de respuesta a estrés por envoltura del patógeno de salmón, Yersinia ruckeri, en respuesta a estrés osmótico". (Tutor)
  • 2018-2019. Benjamín Flores, Bioquímica, Universidad Andrés Bello. "Detección de RNAs pequeños no codificantes de Salmonella Typhimurium mediante el complejo Cas13a-crRNA desde un modelo in vivo de infección crónica". (Co-Tutor)
  • 2018-2020. Fernanda Montt, Bioquímica, Universidad Andrés Bello. "Caracterización fenotípica de una cepa mutante de Yersinia ruckeri deficiente en la proteína chaperona de sRNAs, Hfq". (Co-Tutor).
  • 2018-2019. Paula Núñez, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. "Diseño e implementación de una plataforma de detección molecular in vitro del patógeno Yersinia ruckeri mediante un sistema CRISPR-Cas". (Co-Tutor).

  • MAGÍSTER

  • 2019- a la fecha. Benjamín Flores, Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. "Detección de RNAs pequeños no codificantes de Salmonella Typhimurium mediante el complejo Cas13a-crRNA desde un modelo in vivo de infección crónica". (Co-Tutor)
  • 2019- a la fecha. Fernanda Montt, Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. "Detección del RNA pequeño IsrG de Salmonella Typhimurium en líneas celulares, utilizando como herramienta el sistema CRISPR/Cas13a". (Co-Tutor).
  • 2018-2019. Paula Núñez, Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. "Diseño e implementación de una plataforma de detección molecular in vitro del patógeno Yersinia ruckeri mediante un sistema CRISPR-Cas". (Co-Tutor).