En el segundo período del INCAR, la investigación de la RP3 estará centrada en fortalecer el conocimiento de patógenos como Piscrickettsia salmonis, el virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV), Caligus rogercresseyi, R. salmoninarum, y microorganismos asociados a las floraciones algales nocivas (“marea roja”), particularmente a nivel genómico, transcriptómico y proteómico, para comprender la patogenicidad, la virulencia y los mecanismos de resistencia. La RP3 también se enfocará en estudiar el estado de salud de otras especies de importancia comercial en Chile, principalmente la Merluza Austral patagónica (Dissostichus eleginoides) y mejillones (Mytilus chilensis).