El Programa Integrativo (P.I.) promueve la investigación interdisciplinaria entre los cinco programas del centro para así abordar en forma integrada la complejidad de los desafíos en el desarrollo de una acuicultura sustentable. Este programa aborda por ejemplo el efecto de la variabilidad climática y cambio climático sobre la acuicultura, como se establecen las interrelaciones entre los forzantes biofísicos y los componentes ambientales, productivos, sociales y de gobernanza. El programa también integra el conocimiento generado por INCAR para que tenga una mayor influencia en las políticas públicas en el contexto del Enfoque Ecosistémico a la Acuicultura (EAA).