{"id":28539,"date":"2023-02-06T14:50:59","date_gmt":"2023-02-06T18:50:59","guid":{"rendered":"https:\/\/centroincar.cl\/?p=28539"},"modified":"2023-02-07T10:31:27","modified_gmt":"2023-02-07T14:31:27","slug":"colaboracion-entre-pucv-unab-e-incar-permitio-desarrollar-un-nuevo-protocolo-de-pcr-multiplex","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/2023\/02\/06\/colaboracion-entre-pucv-unab-e-incar-permitio-desarrollar-un-nuevo-protocolo-de-pcr-multiplex\/","title":{"rendered":"Colaboraci\u00f3n entre PUC, UNAB e INCAR permiti\u00f3 desarrollar un nuevo protocolo de PCR multiplex"},"content":{"rendered":"

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Un estudio de investigaci\u00f3n colaborativo entre equipos de investigaci\u00f3n de la Pontificia Universidad Cat\u00f3lica de Chile (PUC), la Universidad Andr\u00e9s Bello (UNAB) y el Centro INCAR, permiti\u00f3 desarrollar un nuevo protocolo de PCR multiplex para tipificar los sub-linajes existentes en Chile del agente del BKD, Renibacterium salmoninarum<\/em>.<\/p>\n

La investigaci\u00f3n que tiene por autores a Patricia Mora-Salas, Sebasti\u00e1n Zapararte, Pamela Villouta, Henry Araya-Le\u00f3n, Ruben Avenda\u00f1o-Herrera, Francisco Melo, Fernando O. Mardones, quienes crearon un novel protocolo de PCR multiplex in silico<\/em> y lo validaron a partir del trabajo de laboratorio con 27 aislados de R. salmoninarum<\/em> chilenos recuperados de muestra de ri\u00f1\u00f3n, coraz\u00f3n, h\u00edgado y\/o bazo de salm\u00f3n Atl\u00e1ntico y salm\u00f3n Coho cultivados desde la Regi\u00f3n de La Araucan\u00eda hasta la Regi\u00f3n de Magallanes durante brotes ocurridos entre 2014 y 2021.<\/p>\n

Los expertos calificaron este enfoque de secuenciaci\u00f3n multiplex PCR-Sanger \u201ccomo una herramienta valiosa para la tipificaci\u00f3n r\u00e1pida y confiable de cada uno de los cuatro sub-linajes descritos para aislados chilenos de R. salmoninarum<\/em>\u201d. Asimismo, los investigadores destacaron que \u201cel m\u00e9todo de tipificaci\u00f3n de sub-linaje tiene un costo menor y requiere menos trabajo y esfuerzo en comparaci\u00f3n con la tarea de secuenciar el genoma completo de una muestra y facilitar\u00e1 futuros estudios epidemiol\u00f3gicos retrospectivos o prospectivos que involucren infecciones por R. salmoninarum <\/em>en pisciculturas chilenas y centros de engorda\u201d.<\/p>\n

Aunque el genoma completo de R. salmoninarum<\/em> (~3,1 millones de nucle\u00f3tidos) est\u00e1 altamente conservado, estudios previos de epidemiolog\u00eda gen\u00f3mica identific\u00f3 dos linajes (1 y 2) y dentro del linaje 1 cuatro sub-linajes dentro de los que se encuentran los aislamientos chilenos: 1a, 1b, 1c y 1d. En el estudio, los investigadores de la PUCV, UNAB e INCAR identificaron algunas secuencias de nucle\u00f3tidos que presentaban diferencias en regiones bien espec\u00edficas del genoma, com\u00fanmente llamado polimorfismo de nucle\u00f3tido \u00fanico (en ingl\u00e9s SNPs).<\/p>\n

As\u00ed, los cient\u00edficos descubrieron un conjunto de tres nucle\u00f3tidos (SNP 2088, 2092 y 2123) posicionados dentro del genoma en una forma que permit\u00eda su amplificaci\u00f3n simult\u00e1nea mediante PCR, y que a su vez eran \u00fanicos para cada sub-linaje permitiendo su diferenciaci\u00f3n.<\/p>\n

Dentro de las aplicaciones pr\u00e1cticas de estos resultados, el Investigador Principal del Centro INCAR y acad\u00e9mico de la UNAB, Dr. Ruben Avenda\u00f1o, explic\u00f3 que conocer el sub-linaje de R. salmoninarum<\/em> end\u00e9mico de una piscicultura,\u00a0 permitir\u00eda realizar el seguimiento en caso de ocurrir \u00a0brotes despu\u00e9s del traslado de los salmones a engorda en mar, e incluso determinar si los salmones infectados pudieran tener bacterias de dos o m\u00e1s sub-linajes en un mismo centro o brote.<\/p>\n

\u201cEl protocolo est\u00e1 validado y las aplicaciones son muy valiosas. Por ejemplo, los laboratorios de diagn\u00f3stico de la red podr\u00edan implementarlo para la caracterizaci\u00f3n de los linajes, asoci\u00e1ndolos a las distintas pisciculturas o centros de engorda. Incluso un aislado que nosotros tenemos categorizado como altamente virulento presenta un linaje espec\u00edfico, por tanto, realizaremos m\u00e1s estudios nuevamente en colaboraci\u00f3n para asociar el potencial patog\u00e9nico de R. salmoninarum y sus sub-linajes\u201d, explic\u00f3 el Dr. Avenda\u00f1o-Herrera.<\/p>\n

Renibacterium salmoninarum es el agente etiol\u00f3gico de la enfermedad renal bacteriana (BKD), que afecta significativamente a los salm\u00f3nidos de cultivo y silvestres en todo el mundo. \u00a0En Chile, el impacto productivo del BKD no est\u00e1 cuantificado, pero las p\u00e9rdidas por mortalidad en agua dulce se ven reflejadas en el crecimiento, afectando a un estimado de hasta un 20% de la poblaci\u00f3n aproximadamente, dependiendo de la especie.<\/p>\n

Revisa el paper \u201cMethod for lineage typing of epidemic Renibacterium salmoninarum in Chilean salmon farms\u201d<\/a>.<\/p>\n

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