{"id":4306,"date":"2018-12-20T21:07:45","date_gmt":"2018-12-20T21:07:45","guid":{"rendered":"https:\/\/www.incar.cl\/?p=4306"},"modified":"2020-06-05T01:34:33","modified_gmt":"2020-06-05T05:34:33","slug":"psalmonisdb-una-base-de-datos-de-informacion-genomica-sobre-piscirickettsia-salmonis","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/2018\/12\/20\/psalmonisdb-una-base-de-datos-de-informacion-genomica-sobre-piscirickettsia-salmonis\/","title":{"rendered":"PsalmonisDB: una base de datos de informaci\u00f3n gen\u00f3mica sobre Piscirickettsia salmonis"},"content":{"rendered":"\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Una base de datos que unifica toda la informaci\u00f3n gen\u00f3mica del pat\u00f3geno Piscirickettsia salmonis disponible en la base de datos biol\u00f3gicas, eso es \u201cPsalmonisDB\u201d, herramienta desarrollada por el Mag\u00edster (c) en Microbiolog\u00eda de la l\u00ednea \u201cSalud Animal en el Ambiente Marino\u201d (RP3), Guillermo Nourdin, en colaboraci\u00f3n con el equipo del Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho, director del Laboratorio de Bioinform\u00e1tica Integrativa de la Facultad de Ciencias Qu\u00edmicas y Farmac\u00e9uticas de la Universidad de Chile.<br>\nEsta base de datos es capaz de almacenar la informaci\u00f3n relacionada a secuencias y sus respectivas anotaciones funcionales. Por otro lado, PsalmonisDB implementa \u201cUCSC Genome Browser\u201d, el cual es una aplicaci\u00f3n de exploraci\u00f3n gen\u00f3mica en donde se encuentran cargada toda la informaci\u00f3n correspondiente a P. salmonis. Adem\u00e1s, implementa el software BLAST dentro de su interfaz, permitiendo hacer un alineamiento contra toda la nueva informaci\u00f3n generada y almacenada dentro de la base de datos PsalmonisDB\u201d, explica Guillermo Nourdin.<br>\nLa gran ventaja que posee PsalmonisDB es que almacena toda esta informaci\u00f3n en un lugar espec\u00edfico, correspondiente a la informaci\u00f3n gen\u00f3mica (genes codificantes y no codificantes) y diversas anotaciones contra bases de datos biol\u00f3gicas disponibles en la red. Esto se observa al momento de hacer un an\u00e1lisis global de genomas de este pat\u00f3geno, \u201calgo que sin herramientas como PsalmonisDB, ser\u00eda una tarea extensa\u201d, recalca Nourdin. Por otro lado, esta herramienta funcionar\u00e1 como repositorio de secuencias y sus propias funciones biol\u00f3gicas y que, por medio de BLAST, alinea las secuencias a consultar solo contra secuencias de P. salmonis de inter\u00e9s.<br>\nOtra ventaja que posee esta herramienta es que agrupa diversa informaci\u00f3n de muchas bases de datos biol\u00f3gicas en un solo sitio, teniendo como objetivo tener la mayor cantidad de informaci\u00f3n en solo una consulta. \u201cEn otros casos, por cada base de datos biol\u00f3gica es necesario una consulta, teniendo el l\u00edmite las bases de datos que quiera consultar. Este \u00faltimo caso es un proceso engorroso, por lo que PsalmonisDB es una herramienta \u00fatil para la investigaci\u00f3n en el \u00e1rea acu\u00edcola\u201d, se\u00f1ala el joven profesional.<br>\nEl modelo de entidad-relaci\u00f3n de la base de datos se construy\u00f3 utilizando MySQL WorkBench y el c\u00f3digo SQL se export\u00f3 y edit\u00f3 manualmente. Para la predicci\u00f3n y traducci\u00f3n de ORFs a prote\u00ednas codificantes, utilizaron Glimmer 3.02 y TransDecoder, respectivamente. Las secuencias se agruparon con corte de identidad del 98%, y se efectuaron anotaciones mediante la b\u00fasqueda de similitud de secuencias con el software DIAMOND, utilizando un conjunto de bases de datos p\u00fablicas (NR, Uniprot, Swissprot, Gene Ontology). <br>\n\u201cEn resumen, identificamos un total de 59,439 genes de 19 genomas completos de P. salmonis disponibles en bases de datos p\u00fablicas, con un promedio de 3,128 genes por genoma. Esta informaci\u00f3n actualizada podr\u00eda ser \u00fatil para futuros estudios gen\u00f3micos; siendo una herramienta adicional para la anotaci\u00f3n de los genomas de este pat\u00f3geno y nuevos estudios vinculados a su organizaci\u00f3n, su biolog\u00eda y desarrollo de metodolog\u00edas de tratamiento y diagn\u00f3stico de enfermedades asociadas a P. salmonis\u201d, explica el Candidato a Mag\u00edster en Microbiolog\u00eda.<br>\nEn el mes de noviembre, Guillermo Nourdin, present\u00f3 sus resultados en formato p\u00f3ster en el Congreso International Society for Computational Biology, ISCB, realizado en la ciudad de Vi\u00f1a del Mar.<br>\n\u201cDentro de los d\u00edas de presentaci\u00f3n recib\u00ed buenos comentarios por parte de los asistentes al congreso, en donde me comentaban lo importante de este tipo de trabajo, debido a que en las grandes bases de datos biol\u00f3gicas tienen demasiada informaci\u00f3n poco clasificada y muchas veces redundante y mal catalogada. Al mismo tiempo, me se\u00f1alaban la necesidad de trabajar en la creaci\u00f3n de bases de datos espec\u00edficas a diversos organismos de inter\u00e9s en el \u00e1rea cl\u00ednica o en la industria\u201d, concluy\u00f3 el estudiante de la RP3 del Centro INCAR.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/centroincar.cl\/wp-content\/uploads\/2018\/12\/PSalmonis-DB-1024x984-1.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-4307\"\/><\/figure>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Una base de datos que unifica toda la informaci\u00f3n gen\u00f3mica del pat\u00f3geno Piscirickettsia salmonis disponible en la base de datos biol\u00f3gicas, eso es \u201cPsalmonisDB\u201d, herramienta desarrollada por el Mag\u00edster (c) en Microbiolog\u00eda de la l\u00ednea \u201cSalud Animal en el Ambiente Marino\u201d (RP3), Guillermo Nourdin, en colaboraci\u00f3n con el equipo del Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho, director del [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":4308,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[2],"tags":[],"class_list":["post-4306","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-noticias"],"acf":[],"views":1368,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4306","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4306"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4306\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4306"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=4306"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/centroincar.cl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=4306"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}