Generar conocimiento científico relevante como una herramienta para convertir a la acuicultura en una actividad productiva sustentable en lo ecológico, económico, y social, con el fin de contribuir al desarrollo sustentable de Chile.
La visión del INCAR es llegar a ser un centro de excelencia, reconocido globalmente como un importante aporte en investigación para el desarrollo de la acuicultura sustentable en el Pacífico Sudeste.
Las cuatro Metas generales de investigación del Centro son:
Meta I: Generar conocimiento científico para reducir el uso de antibióticos, pesticidas y otros productos farmacéuticos en la acuicultura;
Meta II: Generar conocimiento científico para reducir la huella ambiental de la acuicultura mientras se mejora la integración con otros usos del medio ambiente marino;
Meta III: Generar conocimiento científico para mejorar la sustentabilidad socioeconómica de la acuicultura;
Meta IV: A partir de hallazgos clave de investigación incidir en políticas públicas, buenas prácticas de gobernanza para facilitar la implementación de la EAA.