El programa de investigación Genómica Acuícola (RP1) explora la interacción molecular de los organismos cultivados con su entorno. La era genómica ha permitido comprender mejor cómo los microorganismos patógenos y los factores de estrés ambiental modulan el genoma.
Las tecnologías de secuenciación de nueva generación se utilizan actualmente para elaborar perfiles de expresión y descubrir nuevas vías de señalización génica relacionadas con procesos biológicos como la reproducción, el crecimiento, la respuesta inmunitaria y el metabolismo. Estas tecnologías han reducido costes y tiempos, y han cambiado la forma de evaluar nuevas herramientas desarrolladas para mejorar la cría, la nutrición y el sistema inmunitario de especies acuícolas clave.
Uno de los mayores cuellos de botella relacionados con la elevada variación morfológica y de rendimiento observada entre los organismos acuáticos cultivados es que ahora se puede acceder a ella de forma individual, lo que permite comprender las bases moleculares que controlan la plasticidad fenotípica en especies cultivadas de forma intensiva. Los científicos del RP1 han aplicado enfoques ómicos para mejorar las bases de la acuicultura sostenible en Chile.