La industria chilena del salmón ha sufrido varias crisis debido a la elevada mortalidad de peces causada por patógenos como el virus ISA. Además, la salmonicultura intensiva en el medio marino se ha visto continuamente afectada por brotes bacterianos de Piscrickettsia salmonis, brotes parasitarios del piojo de mar Caligus rogercresseyi y, más recientemente, por la reaparición de la bacteria Renibacterium salmoninarum.
En este contexto, los científicos del RP3 han centrado sus esfuerzos de investigación en la adquisición de conocimientos sobre estos patógenos críticos, en particular a nivel genómico, transcriptómico y proteómico, así como en la comprensión de la patogenicidad, la virulencia y los mecanismos de resistencia.
Por ejemplo, la investigación colaborativa del RP3 sobre la resistencia a los antibióticos con otros equipos científicos ha descubierto que existe una gran diversidad en las cepas patógenas de P. salmonis en Chile, todas con diferentes grados de susceptibilidad a los antibióticos, mientras que los análisis genómicos han demostrado que la mayoría de las cepas tienen el mismo patrimonio génico que controla la susceptibilidad a los antibióticos. Sin embargo, el control y/o tratamiento eficiente de los principales patógenos de la enfermedad ha sido difícil porque todavía no hay vacunas comerciales eficientes disponibles para P. salmonis.
