Publicado el 31 marzo, 2022 / Noticias

Tesis de pregrado patrocinada por INCAR profundiza en la resistencia a los fármacos usados para el control de la Caligidosis utilizando nuevas tecnologías de secuenciación

Con distinción máxima el estudiante de Biología Marina de la Universidad de Concepción (UdeC) vinculado a la línea de investigación “Genómica Acuícola” del Centro INCAR, Jaime Hauenstein Daroch aprobó su defensa del seminario de título con su tesis denominada; “Caracterización de RNAs largos no codificantes (IncRNAs) en cepas de C.rogercresseyi mediante tecnologías de secuenciación y evaluación de la regulación transcripcional ante la exposición farmacológica”.

La investigación del nuevo profesional tuvo como finalidad aportar al monitoreo y control de la resistencia a los fármacos que usualmente se usan en la industria salmonicultora, como también el uso de nuevas tecnologías de secuenciación para entender los mecanismos moleculares por los que se puede desarrollar la resistencia farmacológica.

“Los principales resultados obtenidos son nuevos RNAs no codificantes que antes no habían sido caracterizados mediante este tipo de tecnología de secuenciación (Nanopore). Además, se les asignaron funciones biológicas bastante relevantes asociadas a la respuesta farmacológica, pudiendo se parte de los mecanismos que pueden generar resistencia, sobre todo en un organismo que es un desafío para la salmonicultura a nivel global, y cuyo principal tratamiento corresponde al uso de fármacos”, dijo Jaime Hauenstein.

En cuanto a las nuevas tecnologías, como Nanopore, el Biólogo Marino titulado por el Centro INCAR explicó que consiste en una secuenciación directa de la molécula de DNA, y se basa en un nanoporo anclado en una placa de sílice electro resistente, que al pasar detecta la diferencia en el potencial de carga que tiene cada nucleótido de la hebra de DNA, lo que puede entregar la secuencia completa del gen. En cambio, otras tecnologías de secuenciación como las de Illumina se basan en el principio del PCR, donde se fragmenta el DNA y se realizan múltiples implicaciones de cada fragmento. Cada nucleótido utilizado para sintetizar una nueva hebra del fragmento está marcado con fluorescencia, lo cual permite detectar la secuencia.

La diferencia entre ambos métodos es el principio en el que se basan para secuenciar y la longitud de las lecturas que pueden obtener. Por ejemplo, las lecturas que entrega Nanopore dan un rango de acción más dinámico al ser más largas (aprox. 2000 pb), mientras que las de illumina, por cada fragmento son mucho más cortas (aprox. 150 pb), y posteriormente es necesario ensamblarlas para identificar la secuencia completa del gen.

El Subdirector del Centro INCAR y Profesor Patrocinante de la tesis, Dr. Cristian Gallardo-Escárate, destacó que el aporte de esta tesis es trabajar sobre algo que el centro ha estado liderando en investigación en los últimos años, que es entender la biología del piojo de mar, y entender cómo se establece la resistencia farmacológica. “Esta investigación es crucial para la salmonicultura y la sustentabilidad en la industria. El trabajo de Jaime está enmarcado en ese tema y muestra el liderazgo que tiene el centro INCAR en resistencia farmacológica”, menciona.

“Esta investigación está basada en la caracterización genética de un organismo que impacta negativamente sobre la salmonicultura, teniendo gran relevancia para la sustentabilidad en la acuicultura, ya que esto puede ayudar a desarrollar marcadores genéticos que permitan identificar y monitorear la resistencia a fármacos, lo cual es sumamente relevante en un contexto donde la resistencia farmacológica aumentó drásticamente en menos de una década”, explicó Jaime Hauenstein Daroch .

La defensa de título se realizó el miércoles 23 de marzo en la Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas de la UdeC, y la comisión estuvo integrada por el profesor guía de la tesis, el Investigador Asociado de INCAR, Dr. Diego Valenzuela Miranda; el Subdirector de INCAR, Dr. Cristian Gallado-Escárate; el Investigador Asociado del centro, Dr. Gustavo Núñez-Acuña, y el Secretario académico de la Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas de la Universidad de Concepción, Dr. Fernando Cruzar Cruzat.